Al III Conde don Alonso le sucedió su hijo Jerónimo de Acevedo. El año 1562 vino desde Salamanca, donde vivía, a tomar contacto con sus estados y con el colegio. A su muerte en 1564 le sucedió su esposa doña Inés de Velasco y Tovar, quedando como administradora del condado y tutora de sus hijos. Era hija de los marqueses de Berlanga de Duero, muy unida con lazos de sangre a la nobleza sobre todo a la familia Olivares.
La condesa viuda, que era una mujer extraordinaria, poseía, además, un admirable sentido social. Vino a vivir a Monterrei, preocupada por la marcha del colegio y de sus súbditos. Nada más llegar envió a sus hijos Gaspar y Baltasar a las aulas regiomontanas para que gozasen el fruto común, crianza y enseñanza de este Colegio de que gozaban los hijos de sus vasallos. Con el tiempo llegarían a ser personajes importantes en la historia de España, como veremos. Tuvo también una hija, María Pimentel de Fonseca, casada con el conde de Olivares, que, por su vida ejemplar fue llamada «la santa condesa» y mereció una biografía escrita por su confesor el P Juan Cetina. Dueña de una fecundidad bíblica, doña María engendró diez hijos, uno de los cuales fue el conde duque de Olivares, el célebre valido de Felipe IV. Otra fue doña Leonor de Guzmán, esposa del VI conde de Monterrei.
Doña Inés, deseosa de organizar mejor la vida de los habitantes del condado, redactó unas minuciosas Ordenanzas con ayuda del P. Martín Gutiérrez, y que no dieron el resultado apetecido. A pesar de ello, nuestra condesa no cayó en el desánimo y se preocupó ardientemente por el buen funcionamiento del colegio.
Curiosamente, tuvo la intuición femenina de que a los estudios de Gramática, Filosofía y Teología (línea curricular del colegio) les faltaba la base imprescindible, como era una escuela de niños. San Ignacio no había aceptado este grado por la escasez de jesuitas. (Constituciones 451). La práctica posterior demostró su gran importancia y casi todos los colegios lo establecieron.
La Escuela infantil empezó a funcionar en 1575 a cargo de dos maestros denominados «ludimagistri». Uno de los primeros fue el H. Antonio Rodríguez, nacido en Vilaza, del que conservamos, manuscrito, el estupendo libro de abecedarios a color con que enseñaba a sus alumnos. Con la escuela básica, se completaba lo que era el Estudio general de Monterrei.
Al mismo tiempo, doña Inés de Velasco animaba a la Compañía a coronar gloriosamente el Estudio convirtiéndolo en Universidad. Esta idea ya la había tenido don Alonso, el fundador, hombre entendido en estas materias por haber sido patrono de la de Santiago.
Sin embargo, el proyecto más inmediato parece datar del año 1569. cuando viene el Provincial de Castilla, el P. Gil González Dávila (toledano, 37 años) hombre de experiencia y prestigio generalizados. Escribiendo al P. Francisco de Borja a Roma, reconocía el gran fruto que hacía el colegio. Pero toca enseguida el registro de las percepciones exógenas y afirma que «el Reino de Galicia es de gente tan inculta como bárbara» Entonces ¿cómo se podía pensar en crear allí una universidad?
El Provincial se entrevistó después con la condesa y trataron seriamente sobre el estado del colegio, al cual estimaban mucho los dos, cada uno desde su punto de vista. Como consecuencia del encuentro, el P. Dávila demostró la debilidad dialéctica de lo que le había escrito al P. General, cambiando rápidamente de idea y conviniendo con doña Inés que sería gran cosa transformar el colegio en una Universidad, dirigida a todos, pero especialmente a alumnos clericales. Porque como decía, «había mucha necesidad de clérigos de vida honesta y recogida, que tuvieran alguna noticia de Dios».
Para conseguir el ambicioso objetivo propuesto, eran necesarias varias e importantes mejoras como reforzar el curso de Artes o Filosofía, instalar alguna cátedra de Teología dogmática, traer más profesores y engrosar de modo notable la renta. La autorización para conceder grados dependía del Rey y del Papa.
Doña Inés pensaba que, con trabajo y entrega se podía lograr lo pretendido. De acuerdo con el colegio envió a Roma a un hombre de toda su confianza como el licenciado Cisneros, para que iniciase el diálogo con la curia vaticana y jesuítica. Se abrió un proceso largo y tedioso porque había muchas personas implicadas, muchos intereses y porque el proyecto tenía cierta ambigüedad. Iniciados los trámites hacia 1570, duraron nada menos que 20 años entre las propuestas de Monterrei y las respuestas de Roma.
El Estudio general regiomontano estuvo a punto de constituirse en la segunda Universidad de Galicia. Pero no fue posible. Diversos condicionamientos legales, burocráticos y económicos dictaron sentencia. La renta cercana a los 2.000 ducados que se ofrecía desde Monterrei la toleraba de mala gana la Compañía y la rechazaba la Santa Sede. Por otra parte, el V conde don Gaspar de Acevedo, que había heredado el problema y lo vivía con gran interés, tuvo que abandonarlo para ir como virrey a Nueva España. Y así se marchitó una prolongada y acariciada ilusión. Como bien dice el P. Evaristo Rivera, “La Universidad que no pudo ser”.